סיפורו של בית הכנסת הראשון ביבשת אמריקה מתחיל במאה ה-17. קצת רקע: בשנות ה-30 של המאה ה-17 שלטה הולנד בצפון ברזיל, בין היתר במטרה להגדיל את ייצור הסוכר. כתוצאה מכך, היגרו לא מעט יהודים מהולנד לאזור רסיפה, כאשר מרביתם היו גולי יהדות פורטוגל שברחו מאימת האינקוויזיציה. בהולנד ובברזיל נהנו היהודים מחופש דת מוחלט והקימו קהילה משגשגת במרכזה בית הכנסת קהל צור ישראל, ששכן ברחוב היהודים. בשיאה, מנתה הקהילה כ-1,500, חברים שעבדו בייצור הסוכר והיו אנשי מפתח תחת השלטון ההולנדי.
כאשר פורטוגל השיבה לעצמה את השלטון באזור, היהודים במקום שוב נאלצו לברוח. 23 משפחות עברו להתגורר בניו אמסטרדם (כיום, ניו יורק) והקימו שם את בית הכנסת "שארית ישראל", השאר התפלגו בין ברזיל והאיים הקריביים. הקהילה ברסיפה נעלמה, אך המנהגים נשמרו. שמרו שבת, לא ידעו מה הם עושים. "הם שמרו על מנהגי היהדות בלי לדעת מה הם עושים. קמו בבוקר, התפללו בשפה שהם לא מכירים, הלכו עם כיסוי ראש", מסבירה מנהלת המרכז פרופבור טניה קאופמן. "הם לא ידעו מה עושים, אבל הם עשו את זה. הם חגגו את החגים, אבל לא ידעו את המשמעות. לא ידעו למה, הם אמרו שהם עושים את זה בגלל שההורים שלהם והסבים שלהם עשו את זה".
לאחר שהיהודים נאלצו לעזוב את רסיפה בית הכנסת שעבר לידיים פורטוגליות עבר שינוי ושימש כבית חולים ובהמשך ככנסייה קתולית. גם זכר הקהילה כמעט ונעלם. מסמכים שהתגלו בהולנדית הובילו היסטוריונים להאמין שבית הכנסת אכן היה קיים, אך מיקומו נותר בגדר חידה. ב-1999, במהלך חיפושים ארכיאולוגיים, התגלתה באר ששימשה את המקווה בבית הכנסת. לאחר סיום החפירות, המקום עבר שיפוץ לדמותו חיצונית למבנה המקורי. חלק מהקירות המקוריים (מהתקופה ההולנדית והפורטוגלית) עדיין קיימים.
ב-2001 נפתח בית הכנסת לקהל הרחב כמרכז לתרבות יהודית. מעבר לממצאים הארכיאולוגיים מאותה תקופה, אפשר למצוא בו מסמכים, תמונות וציורים המסכמים את חייה של הקהילה היהודית במקום לדורותיה. כיום יש ברסיפה כ-1,500 יהודים, מרביתם אשכנזים שברחו מהפוגרומים באירופה בסוף המאה ה-19 ותחילת המאה ה-20 והגיעו לברזיל. עבורם, בית הכנסת מהווה את מרכז הקהילה. בנוסף לשמחות המתקיימות בו, הקירות המקוריים מהווים עבור המקומיים סמל לכותל המערבי ולפיכך הם נוהגים להטמין בהם פתקים.
דיוגו מיליפונט, יהודי חובש כיפה ("חולם לראות את ישראל ולגור בה"), ואחד מעובדי המקום, מספר שמרבית אנשי הקהילה כלל לא ידעו איך נראה ספר תורה, אך הם מקפידים על מנהגי הדת. "רוב הקהילה ממוצא אשכנזי. הבעיה היחידה להיות יהודי ברסיפה היא הכשרות. הקהילה קטנה, רק 1,500 חברים, ואין לנו מסעדות כשרות או אוכל כשר בשוק ולכן לא מעט מהיהודים כאן טבעונים".
"בית הכנסת שומר על זיכרון של 360 שנה", טוענת פרופסור קאופמן. "כשהיהודים התפללו כאן, הם חיו בקהילה, נפגשו לדבר על מסחר וניהלו חיים משגשגים. ואז הם נאלצו לברוח והקהילה שלהם התפרקה. הם ברחו מהפורטוגזים ומהכנסייה הקתולית והזיכרון של המקום ברח יחד איתם. הזיכרון אבד ולא ידענו עליו שום דבר עד 1999. ההיסטוריה כאן היא לא היסטוריה של קבוצת יהודים, אלא היסטוריה שקשורה לברזיל ולעולם כולו. המטרה העיקרית שלנו היא שכולם יידעו על ההיסטוריה היהודית כאן בפרנאמבוקו כי אלו עובדות שנשכחו במשך שנים למרות שהן חלק מההיסטוריה של ברזיל".